El Museo de las ciencias de Cuenca fue inaugurado el 15 de enero de 1999 y cuenta con 2.800 metros cuadrados de exposición permanente, ofreciendo una visión completa sobre la evolución de la tierra y de las diversas ciencias humanas.

Se encuentra ubicado en pleno casco antiguo de la ciudad de Cuenca, ocupando el antiguo convento de la Merced, conservado en parte junto a numerosos restos arqueológicos de distintas épocas que se muestran al visitante. También esta conformado por un nuevo edificio que sirve como conexión entre la plaza Mayor y uno de los iconos de la ciudad, la torre de Mangana.

Uno de los principales objetivos del museo y quizás el más resaltables es el hecho de querer acercar a los más jóvenes a los grandes misterios de la vida y el universo.

El museo consta con cinco interesantes salas entre las cuales se incluye un planetario, estas salas nos proporcionan un entorno con diversas herramientas audiovisuales, videos, paneles y un observatorio astronómico. Todas éstas nos permitirán conocer como dijimos anteriormente la evolución del planeta y las diversas ciencias humanas, entre ellas se encuentran, la astronomía, tesoros de la tierra, historio del futuro y el laboratorio de la vida .

La ciudad de cuenca, aparte de numerosos lugares de interés que poder visitar, también cuenta con un gran de número de museos que son muy interesantes para el turista que disfrute de unos días en esta ciudad.

El museo arqueológico de cuenca, cuanta con una exposición magnífica de arqueología, que está expuesta de manera permanente. Está dividida en varias salas, y cada una de ellas pertenece a diferentes períodos ordenados cronológicamente: prehistoria, edad del hierro, arqueología clásica, periodo tardío romano, época medieval y época moderna. La colección pertenece a piezas y restos encontrados por toda la provincia.

Otro museo, es el de arte abstracto español, que está situado en la casa del rey, junto a las famosas casas colgadas y que fue creado en al año 1964. El museo cuenta con una exposición permanente, con varios artistas españoles de una excelente calidad en sus obras. Además, después de unas reformas, el museo cuenta con otra sala para exposiciones temporales.

El museo de las ciencias de castilla la-mancha, también está ubicado en la ciudad de cuenca, más concretamente, en su casco histórico, junto a la catedral. En él, además de poder visitar sus exposiciones, y los edificios dónde está albergado, se realizan una serie de actividades, como congresos, talleres y cursos. También cuenta con un planetario, en el que se proyectan diferentes programas, que en estos momentos son: el “universo de Alfonso X el sabio”, “astrizia y los asteroides”, o “supernova”, entre otros.
Otros museos con los que cuenta la ciudad son: el museo diocesano de arte religioso, el museo de la semana santa de cuenca, la fundación antonio saura-casa zavala, el espacio torner, la fundación Antonio Pérez, el tesoro catedralicio y el museo internacional de electrografía.